Le préfet est le délégué territorial de l’Agence dans le département En tant que tel, il a plusieurs missions :

• il est le point d’entrée de l’ANCT pour les élus des collectivités locales qui lui adressent leurs demandes
• il réunit au moins deux fois par an le Comité local de cohésion des territoires, instance politique de partage, d’impulsion et de suivi du déploiement local de l’ANCT ;
• il assure l’articulation de l’action ANCT locale avec les instances de déploiement de l’Agence à l’échelle régionale (Comité régional des financeurs) et à l’échelle nationale.

Toute sollicitation de l’Agence s’effectue à son niveau, auprès d’un guichet unique destiné à recueillir l’expression des demandes d’accompagnement par les collectivités et à mettre en place un accompagnement sur-mesure.

A Niort, le Comité Local de Cohésion Territoriale, s’est réuni six fois entre le 24 août 2020 et le 28 juin 2023 autour du corps préfectoral des Deux-Sèvres.

Parallèlement, le Directeur départemental des territoires, délégué territorial adjoint, a réuni le 1er mars 2021 le premier comité opérationnel (COMOP) de l’ANCT, réunissant les acteurs locaux de l'ingénierie.